buy apple account:中外学者Nature子刊发现98%基因组中的隐藏癌基因


基因编码区仅占人类基因组的2%。圣裘德(St.Jude)儿童研究医院的科学家们已经开发出一种盘算工具来识别导致剩余98%基因组中肿瘤形成的改变。这种方式将有助于发现癌基因,并在儿童和成人癌症正确医学方面取得希望。

《Nature Genetics》杂志详细先容了这种称为Cis表达或cis-X的方式,这是一种创新的剖析方式,在患者肿瘤的调控非编码DNA中识别新的致病性变体和由这种变体激活的癌基因。cis-X通过识别肿瘤RNA的异常表达发挥作用。研究人员剖析了白血病和实体瘤,并证明了这种方式的有效性。


不编码基因的非编码DNA占人类基因组的98%。越来越多的证据解释,跨越80%的非编码基因组是功效性的,可能调治基因表达。大量人群研究已经确定了非编码DNA中与癌症风险升高相关的变异。然则,在肿瘤基因组中,只有少量的非编码变异导致了肿瘤的发生。发现这些变异需要对大量肿瘤样本举行全基因组测序剖析。


“cis-X是一个根本性的改变,现有的方式需要数千个肿瘤样本,只识别频频发生的非编码变体,”St.Jude盘算生物学系主任Jinghui Zhang博士说。她和上海儿童医学中心的Yu Liu博士是本文的通讯作者。刘博士也是第一作者。


“通过使用异常的基因转录来展现非编码变体的功效,我们开发了cis-X,从而能够在单个肿瘤基因组中发现驱动癌症的非编码变体,”张博士说。“识别导致癌基因失调的变异可以将正确医学的局限扩大到非编码区域,以确定抑制肿瘤中异常激活癌基因的治疗方案。”


cis-X的灵感来源于2014年Dana Farber癌症研究所的Thomas Look医学博士及其同事的一篇科学论文。Look也是这篇论文的合着者。Look的研究小组在细胞系中发现了导致癌基因(TAL1)异常激活导致T细胞急性淋巴细胞白血病(T-ALL)的非编码DNA变体。这项研究促使张博士继续她长期以来的兴趣,即研究基因每个拷贝的表达转变。


cis-X通过两种方式寻找表达改变的基因。研究人员行使全基因组和RNA测序来寻找只在一条染色体上表达并在异常高水平表达的基因。


“当剖析等位基因之间基因表达的不平衡时,可能会发生噪音,”刘博士说。“这项剖析使用了一种新颖的数学模型,使cis-X成为一种壮大的发现工具。”


然后cis-X通过在3D基因组结构中寻找非编码DNA调控区域的转变来寻找异常表达的缘故原由。“这种方式模拟了变种在活细胞中的工作方式。这些转变包罗染色体重排和点突变等转变。

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